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制药废水可以采用两种分类方法，一是结合生产工艺进行划分，二是结合制药工业水污染物排放标准进行划分。

这两种划分方法相辅相成，按照生产工艺可划分为冷却废水、生产废水、冲洗废水以及再生废水等；按照排放标准，划分为发酵类废水、提取类废水、化学废水以及生物废水等。

其中，发酵类废水成分复杂，具有毒性，具含有浮物、高酸碱值、总碳等污染物质；化学合成类废水中含有重金属、氯仿等有机溶剂，同时也具有总碳、高酸碱值、悬浮物以及***等污染物质；提取类废水与发酵类废水危害近似；中药类废水具有有机/ 无机物浓度高、沉降性较低、可生化性较高的特点。